De opera beschrijft een belangrijk deel uit het leven van Philipp Franz von Siebold (1796–1866), een Duits medicus die op Dejima, de Nederlandse handelspost in de haven van Nagasaki, verbleef. Japan was in die tijd hermetisch afgesloten van de rest van de wereld, en voor buitenlanders was het ten strengste verboden om het vasteland te betreden. Doordat Von Siebold in staat was om oude mensen voor cataract (staar) te behandelen en Japanse artsen opleidde, groeide het vertrouwen en verwierf hij steeds meer privileges.
Tijdens een bezoek aan een handelsman in Nagasaki leerde Von Siebold diens dochter, de toen zestienjarige Kusumoto Otaki, kennen, waar hij op slag verliefd op werd. Op Dejima waren geen vrouwen en kinderen toegestaan behalve courtisanes. Om bij haar geliefde te kunnen zijn liet Kusumoto Otaki zich inschrijven bij een courtisanenhuis, waar ze onder de naam Sonogi werkte en maar één klant had: Von Siebold.
De Japanse overheid had het delen van informatie over hun land ten strengste verboden, maar Von Siebold was nieuwsgierig door zijn groeiende belangstelling voor Japan. Hij verzamelde in het geheim Japanse planten en dieren en kwam in bezit van een landkaart. Toen een schip, met daarop een grote verzameling van Von Siebold en de landkaart, schipbreuk leed, werd zijn geheim ontdekt door de Japanse overheid. Von Siebold werd een maand lang ondervraagd, maar bekende niet. Hij bood aan om de rest van zijn leven in Japan te blijven (met alles wat hij intussen wist en had over Japan), maar hij werd voor 33 jaar verbannen op verdenking van spionage. Zijn geliefde Kusumoto Otaki was niet de enige die hij noodgedwongen moest achterlaten: ze hadden inmiddels een dochter gekregen, Kusumoto Ine – die later de eerste vrouwelijke arts van Japan zou worden.
De opera Dejima concentreert zich op het moment dat Von Siebold gedwongen wordt om zijn geliefde Japan te verlaten en naar Holland te vertrekken, en het dramatische hoogtepunt van dit tragische vertrek: als uit de mist een bootje tevoorschijn komt, met daarin zijn geliefde en hun driejarige dochter, die de belangrijkste man van hun leven vaarwel komen zeggen.
Het geheel wordt verteld door Kanta, een ‘Yurei’ – de Japanse benaming voor een geest die geen rust kan vinden doordat hij zijn ziel niet heeft gezuiverd. Het vertellen van het verhaal is zijn boetedoening voor zijn verraad aan Siebold.